بذر خربزه اغلب داخل مرکز میوه خربزه قرار دارند. این بدز غنی از مواد مغذی از جمله پروتئین، روغن، فیبر، و مواد معدنی مانند منیزیم و روی است. بذر خربزه می‌تواند به صورت تازه یا خشک شده مصرف شود
همچنین از بذر خربزه در تهیه غذاها، دسرها، نان‌ها، موسلی، و همچنین به عنوان تزئینات در سالادها و دسرها استفاده می‌شوند.